El Fondo de Desarrollo Indígena cuenta con una estructura vertical en la que la máxima autoridad es un Director, quien tendrá el acompañamiento de un Consejo Consultivo, en lugar del Directorio que es lo que tenía el FONDIOC y que fue liquidada debida a manejos irregulares de montos millonarios para proyectos fantasmas. El Consejo Consultivo estará integrado por seis ministros y los representantes de la Confederación de Campesinos, el Consejo de Ayllus y Markas (Conamaq), la confederación de mujeres campesinas Bartolina Sina y la Confederación Sindical de Comunidades Interculturales, los llamados colonizadores. No figuran ninguna organización de las llamadas tierras bajas de Bolivia.
