Mendoza tiene cuatro procesos penales en su contra. Los delitos por los que se le acusan son los de Enriquecimiento Ilícito, Conducta Antieconómica, Peculado, Uso Indebido de Influencias, Beneficios en Razón del Cargo, Uso Indebido de Influencias, Usurpación de Funciones, Contratos Lesivos al Estado, Contribuciones y Ventajas Ilegítimas del Servidor Público, Uso Indebido de Bienes y Servicios Públicos.